Khái niệm hệ thống gắn bó chặt chẽ với khái niệm "kết cấu". Nếu hệ thống là một thể thống nhất bao gồm các yếu tố có quan hệ và liên hệ lẫn nhau thì kết cấu là tổng thể các mối quan hệ và liên hệ giữa các yếu tố của thể thống nhất đó. Như vậy, kết cấu không nằm ngoài hệ thống. Đã là hệ thống thì phải có kết cấu.

Khái niệm kết cấu phản ánh hình thức sắp xếp của các yếu tố và tính chất của sự tác động lẫn nhau của các mặt và các thuộc tính của chúng. Nhờ có kết cấu mà chúng ta hiểu được vì sao phẩm chất của hệ thống nói chung không giống với tổng số phẩm chất của các yếu tố tạo thành.